國家出臺多項政策，鼓勵社會資本辦醫。《國務院辦公廳印發〈關于促進社會辦醫加快發展若干政策措施的通知〉》(國辦發〔2015〕45號)和《財政部國家稅務總局關于醫療衛生機構有關稅收政策的通知》(財稅〔2000〕42號)對社會辦醫稅收優惠都作出了規定，納稅人在實際執行中應避免五個方面的誤區。
誤區一 免征營業稅有價格和期限的前置條件
財稅〔2000〕42號文件規定，對非營利性醫療機構按照國家規定的價格取得的醫療服務收入，免征各項稅收。不按照國家規定價格取得的醫療服務收入不得享受。對營利性醫療機構取得的醫療服務收入，直接用于改善醫療衛生條件的，自其取得執業登記之日起，3年內免征營業稅。
《財政部國家稅務總局關于公布若干廢止和失效的營業稅規范性文件的通知》(財稅〔2009〕61號)規定，財稅〔2000〕42號文件有關營業稅的規定，自2009年1月1日起停止執行。
營業稅暫行條例第八條第(三)款規定，對醫院、診所和其他醫療機構提供的醫療服務，免征營業稅。
國辦發〔2015〕45號文件規定，對社會辦醫療機構提供的醫療服務，免征營業稅。
綜上，新的規定不再劃分非營利性和營利性醫療機構，也不論其價格是否按國家規定價格還是自主定價，對其取得的醫療服務收入，均免征營業稅。同時取消了對營利性醫療機構免征營業稅3年的時間限制。
誤區二 自用車船免征車船稅
財稅〔2000〕42號文件規定，對非營利性醫療機構自用的房產、土地、車船，免征房產稅、城鎮土地使用稅和車船使用稅。對營利性醫療機構自用的房產、土地、車船自其取得執業登記之日起，在3年內免征房產稅、城鎮土地使用稅和車船使用稅。
其實，自2012年1月1日起新頒布實施的車船稅法已不再將醫療機構自用的車船(包括救護車)列入免征車船稅范圍。因此，國辦發〔2015〕45號文件取消了對醫療機構自用車船免征車船稅的優惠。
誤區三 自產自用制劑不再免征增值稅
國辦發〔2015〕45號文件未對醫療機構自產自用制劑是否免征增值稅作出明確規定，但至今也未有相關文件對財稅〔2000〕42號文件中有關自產自用制劑免征增值稅的政策作出廢止的規定。
此外，《國家稅務總局關于進一步貫徹落實稅收政策促進民間投資健康發展的意見》(國稅發〔2012〕53號)重申，對非營利性醫療機構自產自用的制劑，免征增值稅。
因此，財稅〔2000〕42號文件“對非營利性醫療機構自產自用的制劑，免征增值稅。對營利性醫療機構自產自用的制劑，自其取得執業登記之日起，在3年內免征增值稅”的優惠仍然有效。
誤區四 非營利性醫療機構取得的收入全部免征企業所得稅
財稅〔2000〕42號文件規定，對非營利性醫療機構按照國家規定的價格取得的醫療服務收入，免征各項稅收。對非營利性醫療機構將取得的非醫療服務收入，直接用于改善醫療衛生服務條件的部分，經稅務部門審核批準可抵扣其應納稅所得額，就其余額征收企業所得稅。
國辦發〔2015〕45號文件規定，按照企業所得稅法規定，經認定為非營利組織的，對其提供的醫療服務等符合條件的收入免征企業所得稅。其非營利組織的資格認定，按照《財政部、國家稅務總局關于非營利組織免稅資格認定管理有關問題的通知》(財稅〔2014〕13號)執行。對其取得的符合企業所得稅法第二十六條、企業所得稅法實施條例第八十四條至第八十五條和《財政部國家稅務總局關于非營利組織企業所得稅免稅收入問題的通知》(財稅〔2009〕122號)規定范圍的收入，免征企業所得稅。不符合免稅條件的收入，征收企業所得稅。
誤區五 企業和個人向醫療機構的捐贈都可稅前扣除
國辦發〔2015〕45號文件規定，企業、個人通過公益性社會團體或者縣級以上人民政府及其部門對社會辦非營利性醫療機構的捐贈，按照稅法規定予以稅前扣除。
需要注意是，企業和個人向社會醫療機構的捐贈必須符合三方面的條件：一是接受捐贈的部門，必須是符合條件的公益性社會團體或縣級以上人民政府以其相關的部門;二是捐贈款項用于對象，必須是社會辦非營利醫療機構;三是企業公益性捐贈支出，必須在企業所得稅法規定準予扣除的標準內稅前扣除。因此，企業和個人向社會醫療機構的捐贈并非都可以稅前扣除。
